Csinálhatok olyat hogy elkezem a fizika bsc-t a BME-n és az Msc-t az ELTÉ-n csinálnám?

Természetesen. A bolognai rendszer arról szól, hogy Európa bármely országának bármely egyetemén elfogadják az alapszakot, és mehetsz tovább mesterre. Hogy ez kontinentális szinten mennyire megy zökkenőmentesen, az más kérdés, de országon belül ebből semmi gond nem szokott lenni.

Persze, sőt még mást is választhatsz nem muszáj fizikára menned. Esetleg az előfordulhat, hogy különbözeti tárxyakból vizsgáznod kell, ha másik msc-re mennél.