Érdemes lehet jira-t és agilis módszertant tanulni?

Igen is meg nem is. A cégeknél elvárják, hogy ezeket ismerd, de közben ők maguk (ügyfelek, projektmenedzserek, scrum masterek) nem tudják, mi az az agile/scrum/kanban/stb., ezért nem fogsz abban dolgozni.

Egy hentesnek például egész biztosan nem.

Jira használat szempontjából egyszerű, mint a faék. Configolása már más tészta, az hasznos lehet, ha devops karriert akarsz. Agilis módszertan is hasznos bizonyos fokig, mert ha csak dev vagy, akkor úgyis a cég megszokott folyamatát kell követni, ha meg scrum master akarsz lenni, ahhoz van külön tanfolyam és cert.