Otthoni szerver esetén mi az előnye a docker használatának?

Szerintem semmi, sőt. Dockernél külön figyelni kell arra, hogy a megfelelő volume legyen neki átadva, a portok legyenek beállítva, néha a jogosultságokkal is akadnak gondok...

Ha csak a Plex a cél, akkor könnyebb docker nélkül. Egyébként dockerben az a jó hogy az ilyenek telepítése pofon egyszerű, egy pár soros YAML kell amiben átírsz mappa eléréseket, deploy, és fut az adott szoftver. Egyes szoftver telepíthető csomagként, többsége nem, és utána konfigolnod kell. Nameg függőségeket kielégíteni. A docker egy csomag, ami GARANTÁLTAN működni fog.