Külső HDD-n lévő windows telepítő fájljai mellé másolhatok adatokat egy külön mappába? Nem zavar be telepítéskor?

Nyugodtan. Nem zavar.

A telepítőbe bele van programozva, hogy melyik mappákat és fájlokat olvassa be, futtassa le - csak ezeket keresi és kezeli. Amíg ezekhez nem nyúlsz (nem helyezed át, nevezed át, írod felül, törlöd), gond nélkül le tud futni. Minden más mappa vagy fájl nem lesz hatással rá, mert nem is látja a telepítő.