Honnan tudom melyik ATG lehet az igazi start kodon és melyik kódol csak metionint?

Nem tudod. És egyébként is, nem csak az a két lehetőség van, hogy start kodon vagy metionin, hanem lehet két másik kodon határán így: |..A|TG.| vagy így |.AT|G..|, valamint eshet kódoló régión kívülre is.

Ezt leginkább úgy csinálják, hogy megnézik a lehetséges 3 (vagy ha fordított komplemenst is nézel, 6) reading frame-et, és hosszú stop kodon néküli szakaszokat (open reading frame-eket) keresnek benne. Ha egy ATG egy ilyen hosszú szakasz elején van, akkor az egy potenciális start kodon. Persze előfordulhat az is, hogy nem a legelső ilyen ATG lesz a valódi start kodon, hanem mondjuk a rákövetkező, de ezt egyéb infó híján lehetetlen megállapítani: ehhez már homológ adatbázisokat kell nézni, vagy RNS-szekvenálást.

Ha ilyen feladatot kaptál, akkor arra az a válasz, hogy bármelyik lehet. Ha pedig muszáj választani egyet, akkor az, amelyik a leghosszabb open reading frame elején van.

Azt ránézésre elég nehéz megmondani, de azért néha nem lehetelen. Ugyanakkor igazából a természet sem tudja megkülönböztetni az ATG-ket. Amikor RNS készül a DNS alapján (transzkripció), az mindig egy kicsit hamarabb indul el, mint az ATG. Ez a kis extra ahhoz kell, hogy ott bekössön a riboszóma, ami ezután addig keres, amíg talál egy ATG-t (azaz annak az RNS-mását). Ha egy mutáció miatt kiesik az eredeti ATG, akkor elmegy a követlezőig. Ha szerencséje volt a génnek, akkor a következő ATG frame-ben volt, és egy rövidebb, de még esetleg működőképes fehérje keletkezik. Ha nem votl frame-ben, akkor halandzsa képződik.

Emiatt amúgy a génnek ebben a kicsi extra részében nem szabad hogy ATG legyen. Ha valamiért mégis keletkezik egy, akkor arról kezd el írni a riboszóma, és akkor ugyanúgy az a kérdés, hogy frame-ben van-e.

Pont emiatt, az életbeli szekvenciákról onnan lehet tudni, hogy melyik ATG lesz a start, hogy kell legyen előtte egy riboszóma kötő hely. Ez bacikban és eukariótákban is jellemzően A-ban és G-ben gazdag (Pl AGGAGG, vagy AGGGAG stb) rész. Vagyis ha van ilyesmi az ATG előtt úgy 10-15 bázison belül, akkor az egy esélyes start hely.