Ha leállítom a Windows frissítését abból lehet valami baj?

Nem szakítja félbe rögtön. Az csak annyit csinál, hogy ha több frissítés települ sorban, akkor a következőnél megáll. Az éppen aktuálisat nem szakítja meg. Nyugodtan megnyomhatod, nem csinál kárt, de valószínűleg hasznot se. Ha megnyomtad, és továbbra se csinál semmit, akkor a feladatkezelőben állítsd le az msiexec.exe fájlokat, attól elvileg meg fog szakadni hibaüzenettel. Ekkor indítsd újra a gépet, és próbálj újra frissíteni.