Lehet úgy klónozni SSD-ről PCIe meghajtóra úgy hogy a Windows-t ne rakja át? Csak a programokat?

Nem.

Klónozni nem. A klónozás lényege hogy a másolat maradéktalanul egyezik az eredetivel. Ettől klónozás.

Átmásolni viszont lehet file szinten ami kell...

Igen.

Filekezelőben cut paste.

De mivel változik alattuk a meghajtó betűjel ezért config fileokban és registryben még utómunkázni kell hogy működjenek.

Okés, tehát elsősorban SSD is lehet PCIe-re kötve, de akár egy hangkártya is. Egy külső és egy belső SSD vagy HDD között nem sok különbség van amikor arra kerül a sor, hogy mit lehet ráklónozni, s mit nem.

Hogy a tényleges kérdésre válaszoljak: nem. A klónozás mindent visz. Ezen kívül, ha csak így egy az egyben átrakod fájlkezelőben (ami nem klónozás), akkor a programok nem fognak működni, azokat újra kell telepíteni (kivéve a portable programokat) és nem biztos hogy egy annyi megoldja, hogy átírod a registryben és configfileokban azt az egy betűt, hogy hol van (sőt, valószínűleg nem).