Megbízási szerződéssel a nettó jövedelmem után keletkezik fizetési kötelezettségem?

Nem, a kifizető dolga levonni az szja-t és a járulékokat, ha biztosítottá válsz.

A járulékok befizetése ugyanúgy történik, mintha rendes fizetést kapnál, csak másképp van kiszámolva a járulékalap. Az téged ne izgasson.

Így van. Mivel cégről van szó, ő kifizetőnek minősül. És mint kifizető, köteles megállapítani az adó- és járulékalapot, ha kell levonni belőle ezeket, valamint megfizetni utána a közterhet. Erről majd igazolást állít ki azért, hogy az év végi adóbevallásodban rendezni tudd - ha lesz - a különbözetet ugyanúgy, ahogy minden más emberke. :)