Mi a pontos különbség aközött, hogy egy szövegben a mellékes gondolat zárójelben van, vagy kötőjelek között? Továbbá az is helyes, ha egy mondat utolsó része van egy kötőjel és a mondatot lezáró pont között, ugye?

először is: gondolatjel :-) (a kötőjel más)

az első kérdésedre nehéz lenne _pontos_ választ adni (én nem is tudok), mert ezek kábé ugyanarra valók, legtöbbször felcserélhetők, de néha valamivel jobb az egyik, mint a másik... ezekre a kisebb különbségekre lehetne sok példát mondani, sokféle szöveg van, sokféle mondat, sokféle használat.

gondolatjellel általában olyan beékelődést jelölünk, ami szóban sem gond, szerves része a mondatnak, akár gondolatjel nélkül is kerek mondat lenne, csak írásban ezzel jelöljük, hogy ez egy kicsit "plusz" az alapmondathoz képest. ezt talán szóban is jelezzük hangsúlyozással, de ez sem biztos...

ugyanezt lehet zárójellel is jelezni (vagy egyszerűen vesszők közé téve a beszúrt részt).

ugyanakkor a zárójel használata széleskörűbb, azt sok olyan dologra is használjuk, ami csak írásban megy, szóban valahogy körül kell írni, pl. ha valami adatot szúrunk be, vagy hivatkozást stb.

a másik kérdés, vagyis amikor csak magában áll a gondolatjel, egy egészen más eset: ott nem egy beszúrt – kvázi "alacsonyabb rendű" – rész követi az gondolatjelet, épp ellenkezőleg: valami fontos gondolatra, fordulatra, csattanóra hívja fel a figyelmet a gondolatjel, és szóban egy pici szünetet (figyelemfelhívó "előhatásszünetet" :-) lehet odaképzelni a helyére.

a kérdésre válaszolva: helyesírásilag helyes, persze, inkább az a kérdés, hogy tudja-e az ember a kialakult szokásoknak megfelelően használni.

aki sokat olvas, az érti-érzi a különbséget, tudja, hogy hogy szokták használni – és nyilván írásban is megy majd neki –, aki viszont még bizonytalan, az majd megtanulja – ha sokat olvas. :-)