Hogyan küszöbölhető ki ez a megoldás?

Lehet gondod igen. Ha a másik cég simliskedés miatt csinálta ezt, akkor simán rá lehet húzni a pénzmosást is. Hivatalosan úgy kellene történnie, hogy visszautalod nekik a téves utalást és a céges bankszámláról ők elutalják újra, vagy kp-ben kiegyenlítik neked.

Mit mond az adott cég? Miért magánszemélyként egyenlítette ki a számlát?

ezzel nem kell foglalkoznod. Hogy ő hogy könyveli le az az ő dolga, de lehet abszolút szabályos és életszerű, hogy a dolgozó saját zsebből fizet ki valami céges költséget (kp, vagy a privát kártyájával, mondjuk az átutalás kevésbé jellemző), és utólag számolja el a munkáltatójával (pl. kiküldetéshez kapcsolódó költségek sok cégnél így működnek).

Osztom az utolsó véleményét. Kiegyenlített számla nálam beazonosítható, minden más a másik fél nyűge könyvelésileg.