Ha ezt csinálom akkor ezek elvesznek? (Linux, Windows)

Nem, csak a "C". De ha előtte a "C"-ről a neked fontos dolgokat átmásolod a "D"-re, akkor az is megmarad...

A telepített programok el fognak veszni, azokat újra fel kell telepíteni az új oprendszer alá, persze ha Linux akkor teljesen más programokat...

A legtöbb linux telepítés közben rákérdez kétszer is, hogy mit törölhet a lemezről. Ha azt a partíciót törölteted vele, ami eddig C: néven futott, akkor arról fog elveszni minden, a másiknak nem lesz baja. Csak légy óvatos, hogy a megfelelőt válasszad.